Spera in Deo et fac bonitaten. "Dom João II lhe deu por divisa uma esfera, que é a figura dos céus e da terra, em que como per verdadeira profecia lhe deu a certa esperança de sua legítima e real sucessão como ao diante se seguiu". Rui de Pina.
Na tarde de domingo do dia 25 de outubro, na cidade de Alvor, no Algarve, morria o grande rei D. João II, aos 40 anos, dos quais reinou 14. Estavam com ele os amigos e sua corte que o acompanhava sempre. Sentindo próximo o seu fim, mandou seu filho, que tinha consigo, ir-se dali para que não visse os estertores de sua morte. Não quis também que ele presenciasse a feitura do documento que o apartava do trono e da família para sempre. A razão que levou o Príncipe Perfeito a legar o trono a D. Manuel foi sua visão de que seu filho não teria forças contra D. Leonor e sua família, os duques de Bragança e Viseu. Temeu que o reino fosse atirado a uma guerra com vantagem para Castela que saberia aproveitar-se dela para o submeter. Dom Jorge aceitou o que seu pai fizera em silêncio, sem jamais se insurgir contra Dom Manuel. Concluindo o seu testamento, Dom João II instituiu Dom Manuel como seu testamenteiro e entregou-o a Rui de Pina, seu escrivão, que o levou ao futuro rei no mesmo dia. Dom Manuel estava com a rainha em Alcácer do Sal, onde recebeu a comitiva na segunda feira. Na terça-feira, 27, foi levantado e jurado por rei, estando presentes a rainha, os prelados, alguns senhores e fidalgos.
Dom ManueI nasceu na vila de Alcochete, em 31 de maio de 1469, e o seu nome lhe foi dado porque sua trisavó se chamava Constança Emanuel, rainha de Portugal pelo casamento com Dom Pedro I. Era o nono filho de Dom Fernando, Duque de Viseu irmão de D. Afonso V, e de D. Beatriz, filha de João, Condestável de Portugal. Aos 26 anos subiu ao trono, do qual estava muito distante, chegando a ele pela morte de seus cinco irmãos varões e do Príncipe herdeiro Dom Afonso. Ainda muito pequeno, Dom Manuel foi à Castela, acompanhado de sua ama Justa Rodrigues e do seu aio Diogo da Silva de Meneses, para cumprir as exigências das Terçarias de Moura, em lugar do seu irmão, o Duque de Viseu, que se achava doente. Fez uma segunda viagem, interrompida a meio do caminho. A comitiva retornou de Freixinal, a primeira cidade de Castela, após receber a notícia de que as Terçarias se desfizeram. Por essas viagens, Dom João II deu a Dom Manuel casa com baixelas, tapeçarias, ornamentos de capela, ministros, cantores, ordenando que o fossem servir os que serviam em casa de seu pai, e fidalgos principais. Permaneceu no cargo de aio Diogo da Silva de Meneses. Nesta oportunidade, acrescentou ao brasão de duque de Beja o lema: Spera in Deo et fac Bonitaten (Espera em Deus e faz bondade), sem nada mais acrescentar, pois não era príncipe e o príncipe herdeiro estava vivo. Dom Manuel herdou o título de duque de seu irmão, que foi trocado por Beja, ao invés de Viseu. Isto foi assim feito para desvincular os nefastos acontecimentos daquela casa ao seu nome. A esfera armilar que Dom Manuel adotou, pertencia na verdade a Dom João II, referentes aos feitos de seu reinado, mas que ainda não haviam sido completados, porque o rei esperava concretizar as navegações de descoberta do Brasil e do caminho para as Índias, o que tornaria a esfera num símbolo de seu poder e domínio a nível global. Aguardava o relatório das viagens para instruir o documento a ser enviado ao papa, a fim de ser confirmado seu domínio sobre as terras e mares descobertos. Mas a morte lhe roubou esta glória tão justa, que só a ele podia pertencer. Portanto, é impossível que lhe tenha dado qualquer coisa para além da casa e do lema. Por outro lado, a promessa de tornar D. Manuel herdeiro do trono foi feita de modo espontâneo porque se criou em sua casa como filho adotivo; estando diante do cadáver do irmão, e ouvindo a narrativa do rei, o teve por justo.
Por esses títulos se sentiam isentos do dever à obediência, livres do crime de insurgência e alta traição.
Ao contrário de Dom Manuel, o príncipe aceitou os argumentos de sua mãe e a ela deu apoio, gerando no rei o temor da perda do reino de Portugal. Desde a morte do duque de Bragança a rainha vivia em desacordo e não aceitava o que o rei fazia. Surrupiava a D. João II a companhia do filho, criando entre eles mal disfarçada animosidade. Morrendo seu irmão o Duque de Viseu, às mãos do rei, a rainha adotou as ideias da casa de seu pai, incutindo-as no príncipe seu filho. As traições ao rei, das quais tinha conhecimento, não eram vistas senão como defesa de um direito conquistado pelos títulos a eles concedidos. Por esses títulos se sentiam isentos do dever à obediência, livres do crime de insurgência e alta traição. Entendiam eles que os títulos concedidos eram o merecido prêmio à lealdade a Dom Afonso V. Segundo eles, por sua intervenção livraram D. Afonso V de perder o trono para D. Pedro, o Regente, o que é frontalmente contra a verdade, como atrás ficou dito. Para eles, era inaceitável que tais direitos fossem tocados sem prejuízo da honra de sua casa; honra essa que, como demonstrado e provado, não existia. Maior honra tem aquele que edifica a casa do que os que dela desfrutam. Pelo prisma dos duques, sua luta era legítima para permanecer no gozo pacífico de suas prerrogativas, que até então nunca tinham sido contestadas. A rainha esposava estes argumentos para justificar todos os atos cometidos pela casa do seu pai e os duques a ela ligados. Distanciava-se do rei e, sem nenhum temor, se insurgia contra sua própria linhagem, tendo portas a dentro os seus inimigos. Para ela não havia erro na rivalidade dos poderosos duques com o rei, mas era um exercício do seu legítimo poder. Lá no seu íntimo, talvez, pensasse que a morte do filho era um merecido castigo ao rei para vingar a morte do seu irmão o Duque de Viseu. A causa dos duques não era segredo para Dona Leonor, que via a sucessão deles como coisa natural por ser o duque seu pai, irmão do rei Dom Afonso V. Dizia ela que o rei era "...um bicho que morde a mão de todos que se chegam a ele". Não eram estes os pensamentos de Dom Manuel que sempre esteve com o rei, sem nunca se pronunciar contra ele em nenhum dos seus atos. Essa fidelidade era vista como subserviência.
A esfera armilar era de ferro, representava o globo terrestre, e foi criada para calcular e medir os paralelos, mas passou a representar o poder do reino de Portugal porque seu rei era o descobridor dos mundos cuja existência era desconhecida. Foi feito um globo de cristal de 15 cm de diâmetro com o mapa mundi nele esculpido, para pousar à mão esquerda do rei, tendo o cetro na mão direita: esta seria a imagem do rei nos retratos de comemoração de suas conquistas. A esfera estaria no timbre do seu brasão, e todos os documentos trariam seus títulos como fez o rei seu pai. Tendo a rainha se separado, Dom João II não tinha expectativa de um filho varão, mas Dom Manuel, seu primo, fora criado em sua casa. Antes que seu filho nascesse, seu ouvinte e aluno era D. Manuel a quem transmitia toda sua alma de rei de Portugal. Sem se aperceber preparava-o para ser rei. Mesmo estando em Castela, Dom Manuel não participou das ideias dos reis católicos e dos duques, guardando sua fidelidade ao rei D. João II de Portugal. Sua prontidão em ouvir e atender ao rei não eram atitudes servis, mas a de um pupilo a preparar-se para suas futuras funções cujo desempenho mostraram quão bom era o mestre, e quão aplicado era o aluno. Dom Manuel é venturoso porque toda sua obra é centrada na execução dos planos de Dom João II. Usou da esfera legitimamente e, sendo instado a usar o título de imperador, recusou por entender que não exercera o pleno domínio sobre as terras e povos conquistados. A colonização dos povos e domínio das terras descobertas seriam tarefa para seu filho Dom João III.
Estando Dom João II muito enfermo, já não tratava das coisas do reino como dantes, e deu azo aos duques para interferirem por intermédio da rainha. Começaram por legislar em nome do rei contra os judeus, mandando-os expulsar de Portugal; assinalando prazo, indicando o lugar por onde deveriam sair. Os portos e fronteiras por onde deviam sair eram distantes para muitos deles, que não puderam chegar no tempo previsto. Houve uma grande aglomeração de judeus em Lisboa e nas cidades de fronteira causando tumulto porque elas não comportavam tanta gente. Interveio a rainha novamente, confiscando os bens que levavam e tornando-os escravos. Estes fatos sucederam por estar o rei sob o efeito do veneno subministrado a ele, e seu sintoma é a lassidão, a falta de forças para impor sua vontade, antes tão inquebrantável. O rei jamais tomaria tal atitude para com os judeus, pois todo o reino era judeu, as raízes portuguesas são judaicas; a Escola de Sagres e todos os feitos das navegações tinham a participação ativa dos judeus. Portanto, estas medidas contra este povo era o mesmo que atentar contra si e contra todo o reino. Ademais, não se submeteria aos caprichos de Isabel, contra a qual, junto com Dom Afonso V, seu pai, tinha sustentado uma guerra pelo trono, no qual ela se sentou, em um ato de esbulho aos direitos de Dona Joana. Dom João II não seguiria a política da pessoa que tantas humilhações tinha infligido a seu pai. O reino de Portugal era rico e independente em todos os aspectos. O mesmo não se pode dizer de Dona Leonor, que tinha estreitas relações de parentesco com Isabel e, com aleivosia, adotava a política de Castela. Em suas cartas ao rei, Dona Leonor falava das ordens que dera e das providências tomadas em nome dele, ao que ele reagia com conselhos e orientações para não causar dano ao reino. Em 1484, o ano da morte do seu irmão o duque de Viseu, a rainha esteve nas Caldas onde ficou por um ano. O único mal que sofria era a dor causada pela morte do seu irmão. Caldas da Rainha não era lugar ermo porque está em Leiria, que pertencia a Coimbra, antiga Capital do reino; ducado de D. Pedro o Regente, que passou a Dom Jorge, o filho de Dom João II, que foi feito duque de Coimbra. Conclui-se que foi para lá em razão de uma ruptura com o rei, e no decorrer do ano mandou construir o Hospital das Caldas Termais, concedendo aos seus habitantes privilégios e isenção de quatro impostos. Dona Leonor fez de Caldas a sua cidade integrando-a no seu patrimônio, e como tal, fez nela várias obras de melhoramento, sendo o hospital a maior delas. Leiria pertencia ao Ducado de Coimbra e Dona Leonor retirou ao Ducado a vila de Caldas. O véu da bondade de Dona Leonor encobre a separação do rei e a disputa do poder real, partilhada com os duques que tencionavam usá-la para alcançar o trono. Castela fazia sua política por meio da causa dos revoltosos em prol dos seus objetivos. Dona Leonor, apoiada por eles, prosseguiu com suas obras pias ocultando seu governo paralelo no reinado do seu irmão, criando a Santa Casa da Misericórdia em 1498. Auxiliada por sua mãe, convenceu o rei D. Manuel a perdoar todos os implicados nas conjuras e traições passadas, com o argumento de que eram problemas ligados a Dom João II.
Dom Manuel ficou no Castelo de São Jorge, residência dos reis seus antecessores. Era vaidoso e gostava do luxo, sendo o fausto de sua corte maior que a de Leão X de Roma. Portugal era rico e poderoso e o seu rei ostentava essa riqueza e poder sem pesar aos seus súditos. A Casa da Índia rendia 170 barras de ouro vindas de Sofala; a Mina de São Jorge, na África, dava o seu tanto, podendo o rei satisfazer seu luxo sem pesar ao povo. Cada viagem às terras descobertas rendiam mil por cento de lucro, exceto a primeira, que rendeu cinco mil por cento de lucro, descontados investimentos e todas as perdas. Todos os que embarcavam nestas viagens recebiam antecipado, sem deixar de participar dos lucros. Como gostasse de música, Dom Manuel admitiu ao seu serviço 150 cantores: 20 que tocavam teclado, 20 charameleiros, 12 trombeteiros, 8 atabaleiros, 16 violeiros, 3 organistas, 12 tocadores de adufes, e harpistas, tamboris, alaúdes e pandeiros. O termo orquestra de câmara foi criado por Dom Manuel porque estes músicos tocavam à hora da sesta, do jantar, à ceia, e quando ia para a cama à noite. Antes dele não houve rei que assim vivesse, e os músicos tocavam apenas nos bailes e teatros. Comia pouco e só bebia água; sofria de insônia, mas sempre levantava-se bem cedo.
Logo que subiu ao trono, Dom Manuel mandou comunicar à Castela sua coroação e chamar a Portugal Dom Jaime e Dom Fernando, que lá estavam desde a morte do duque Fernando de Bragança. Também chamou a Álvaro de Ataíde e Álvaro, irmão do duque, para retornarem ao reino. Enviou Francisco Fernandes a Roma para comunicar, por meio do bispo Dom Jorge da Costa, sua sucessão. Confirmou todas as mercês concedidas por Dom João II, à hora da morte, e cumpriu tudo que lhe fora ordenado. Mas delegou aos mestres do reino o encargo de dar seu parecer e verificar se confirmava, derrogava, ou limitava a mercê, examinando se o que fora requerido concorria para bem e segurança do reino. Investigou o andamento da justiça, mandando castigar os que andavam errados; aumentou o número de juízes na Casa do Cível; o mesmo fazendo com os desembargadores da Casa da Suplicação, aumentando a ambos seus ordenados. Mandou corregedores por todo o reino com poderes para punir os faltosos até com pena de morte conforme a gravidade dos seus atos. Inquiriu das necessidades dos desembargadores e concedeu mais autonomia para que não retardassem suas decisões. Mandou rever o Livro das Linhagens e o Livro do Armeiro Mor. Havia 72 famílias nobres em Portugal, e o rei mandou Duarte das Armas pintar seus escudos nos peitos de 72 veados, na Sala dos Brasões do Palácio de Sintra. Este mesmo Duarte das Armas, em 1507, foi na expedição a Azamor e fez os mapas dos rios e a situação geográfica da terra.
A força destas três mulheres sufocaram e mataram o rei logo no primeiro ano de seu reinado.
Estando ainda em Montemor, Dom Manuel deu liberdade aos judeus, vítimas do Decreto de expulsão, sem aceitar deles a contribuição voluntária como prova de gratidão, pois foram sujeitos a isso por imposição do capricho de Dona Leonor. Dali foi a Setúbal, onde o aguardavam a rainha Dona Leonor; sua irmã Isabel, duquesa de Bragança; a infanta dona Beatriz, sua mãe que, era tia de Isabel de Castela. Passaram a páscoa juntos e trataram de negócios. O rei Dom Manuel estava preso à sua família e dos negócios tratados resultou uma renovada força aos inimigos do reino. Chegaram a Setúbal dom Jaime e dom Dinis logo depois da páscoa, acompanhados de d. Álvaro seu tio; e dom Sancho, filho mais velho de dom Afonso, Conde de Faro. Dom Manuel deu a dom Sancho o título de Conde de Odemira, que fora do seu avô dom Sancho. Os duques de Bragança alegaram inocência das culpas de seu pai e tendo as matriarcas como advogadas, convenceram ao rei a restituir todas as honras e mercês, todos os bens confiscados à Casa de Bragança passando-os a dom Jaime, filho do duque. Prometeu ainda restituir os bens e títulos dados a outras pessoas. Estas dádivas feitas a dom Jaime, filho mais velho do duque de Bragança, foram tão grandes que nunca houve rei, imperador ou senhor que assim tenha feito a pessoas inimigas declaradas do rei antecessor, desfazendo-se de terras e bens patrimoniais dos quais tinha posse mansa e pacífica. Ajudados pela rainha dona Leonor e dona Beatriz, sua mãe, os Bragança entraram na posse de mais de cinquenta vilas, castelos, fortalezas e cidades muradas. Ficaram também senhores das cidades de Bragança, Guimarães, Barcelos, Chaves, Vila Viçosa, Ourém, e Borba. De olhos postos em um futuro bem próximo, reuniram-se em torno de dona Leonor e tentaram fazê-la rainha em lugar de Dom Manuel, seu irmão, o que ela recusou peremptoriamente. Renovaram as tentativas, mas a todas ela resistiu, satisfeita em ser uma forte eminência parda. Toda luta de Dom João II estava perdida: toda a guerra pela preservação do reino, todo o sangue derramado parecia ter sido em vão. O cardeal dom Jorge da Costa, amigo dos duques, que vivia em Roma, para onde fora banido por Dom João II ainda príncipe, também foi chamado de volta ao reino para destruir por completo a obra de Dom João II. Porém, dom Jorge da Costa, alegando ter já muita idade, não acedeu ao pedido; disse que, como Cardeal a quem o papa queria bem, serviria melhor a Portugal onde estava. A força destas três mulheres sufocaram e mataram o rei logo no primeiro ano de seu reinado. Dona Leonor exerceu seu mando ao lado do rei seu irmão, sem nunca deixar a família, tendo junto a si a matriarca dona Beatriz, sua mãe; e dona Isabel sua irmã, viúva do duque de Bragança. A elas Dom Manuel se curvou até perder a vida, justificando as dúvidas de Dom João II a seu respeito quando lutava para que seu filho Dom Jorge reinasse depois dele. Pelas mãos delas o reino se esvaiu, e não desapareceu por muito amor e misericórdia de Deus.
Terminadas as jornadas das descobertas, o Venturoso enviou ao papa seu pedido de reconhecimento da posse das novas terras e sem demora foi atendido, recebendo o título de imperador pela mesma bula. Porém, em sua vida particular, Dom Manuel não experimentava tanta ventura. Entrando os Bragança na posse de todos os seus bens, puseram à mostra todo o ódio contra Dom João II, dele maldizendo e espalhando muito má fama. Dom Manuel escreveu a dom Álvaro que não infamasse a honra e o nome de Dom João II, seu primo, para que continuassem no reino. Eis o teor da carta:
“Honrado primo, vi a carta que me escrevestes, perque me fazeis saber da vinda do Duque meu sobrinho, e vossa folguei por ser tão cedo, e parece-me bem ser logo sem mais detença nenhuma, e vossa vinda seja a Elvas, e a Estremoz, e dali ao Vimieiro, e a Montemor, e aqui sem se esperar mais recado. Dizem me que alguns criados do Duque vosso irmão falam em el Rei meu senhor, que Deus haja, como não devem, encomendo-vos que sejam todos bem avisados, per vós e meu sobrinho, porque me pesara muito disso, e certo se alguns o fizerem receberiam de mim grão castigo, porque assim é razão. Haja meu sobrinho esta carta também por sua por ser mais em breve esse despachado de minha mão, em Setúbal, a xxvi dias Dabril, El Rei".
Induzido por sua mãe Dona Beatriz, Dom Manuel tentou fazer seu aio dom Diogo da Silva de Menezes Conde de Portalegre, mas não pôde levar a efeito sua intenção porque indo ele tomar posse, os principais da Vila não o permitiram, trazendo documentos ao rei que falavam da sua lealdade, de como tinha resistido aos revoltosos, não devendo ela sair do seu real domínio, sendo de maior proveito e segurança do reino que fosse dada a um príncipe. Trouxeram ao rei a lembrança do mal que os Menezes e condes de Marialva haviam feito contra o rei Dom João II. A tais argumentos o rei respondeu com duros castigos, degredos, intimações a responder em juízo pelas acusações feitas aos Menezes; e os de Portalegre se submeteram sem desistir de sua opinião. Então, o rei fez dom Diogo Conde sem nenhum poder. Era do conhecimento de Portalegre a origem da famíia de dom Diogo da Silva de Menezes cuja atuação nunca foi a favor dos reis de Portugal. De origem leoneza, a família chegou a Portugal em 1230 e alcançaram títulos nobres. Este mesmo Diogo da Silva de Menezes esteve com Dom Afonso V em África sendo um conjurado da casa de Marialva; era casado com D. Maria de Ayala, filha de Diego Garcia Herrera; parente da rainha Dona Leonor Teles de Menezes, a Aleivosa. Sua família começou a prosperar no reinado de Dom João I. Os condes de Marialva, parceiros dos duques descontentes, com eles fizeram oposição ao trono desde que Dom João I foi rei.
Em todos estes episódios fica exposta a fraqueza de Dom Manuel dentro de sua casa. Faltava-lhe a força que só a pode ter aquele que não se sente devedor. O rei se sentia em débito para com a rainha sua irmã cujo argumento tinha muita força. Morrendo-lhe seu filho, a rainha disputou com Dom João II para que não subisse ao trono Dom Jorge, o filho de Ana de Mendonça. Dom Jorge fora legitimado e o rei entendia que era ele o seu herdeiro. A rainha entendia o contrário e a sua luta visava trazer a coroa para sua casa por achar um ato de justiça à sua família. Desde a morte de Dom Diogo, seu irmão, que a rainha fazia um governo paralelo coadjuvada por sua mãe e os duques seus cunhados. Dom Manuel já sentou no trono manietado pelas poderosas mulheres de sua família: Dona Leonor, dona Beatriz; dona Isabel, que reinaram em seu nome. A primeira incursão da rainha, como governante, se deu em Caldas da Rainha; atuou a segunda vez promulgando a lei de expulsão dos judeus, em nome do rei seu marido. Reinando seu irmão Dom Manuel, a lei foi revogada e os judeus escravizados foram libertos. Dona Leonor retoma a perseguição e o rei tenta atalhar os males aos judeus com a lei de 4 de maio de 1497, que proibia, por vinte anos, inquirir da fé dos que se batizaram. As matriarcas contra-atacam com o alvará de 1499, que impede aos judeus conversos a saída do reino. Acode Dom Manuel revogando a lei, dando liberdade para que saiam os que desejarem sair. As matriarcas legislam retirando aos judeus o direito à identidade jurídica. O rei contorna a situação garantindo aos judeus o direito a viver nas cidades que desejarem. Fazem reforma fiscal com o objetivo de aumentar os impostos sobre os bens dos judeus para que não fossem autônomos. Dom Manuel foi muito prudente na luta contra este triunvirato, mantendo estas questões no âmbito familiar, cerceando como podia, as ações das mulheres de sua casa. Assim vive o rei em contradição: as matriarcas prendem de dia, o rei solta à noite; elas confiscam de dia, o rei devolve o confisco à noite. Dom Manuel nada devia à Castela e não tinha motivo nenhum para agradar seus reis. As matriarcas prosseguem em sua sanha de vingar a morte dos seus punindo ao próprio povo português e buscando a ruína dos judeus em nome do rei. Os confiscos e outros abusos cometidos foram justificados com as necessidades do reino. Mas Portugal era extremamente rico como nenhum reino o fora. A ideia das matriarcas era desmontar a Escola de Sagres e passar tudo para sua direção para que as descobertas ficassem sob seu domínio. Nunca houve questão entre o povo português e os judeus porque ambos os povos tinham o mesmo tronco. Sempre viveram juntos e irmanados sem inimizades nenhumas. A diferença entre eles estava no fato de serem os judeus portugueses cristãos vindos do reino da Borgonha, e os outros serem judeus seguidores da lei mosaica. Estes últimos queriam preservar os ensinos de Moisés e, para isso, viviam em suas cidades, fato que nunca incomodou os cristãos. Antes, atendendo aos seus desejos, deixavam que escolhessem seus lugares de habitação. Abraão Zacuto não veio a Portugal porque foi expulso de Espanha, mas era um dos membros mais respeitados da escola de Sagres. Por seus estudos o astrolábio foi aperfeiçoado. Fez também as tábuas astronômicas e as tábuas lunares que foram utilizadas na ida ao Brasil e à Índia. Um dos navios da frota voltava a Portugal sempre que os capitães se defrontavam com alguma dúvida, e Abraão Zacuto enviava novas tábuas astronômicas para que não houvesse erros na rota a seguir em demanda do Brasil e da Índia.
Isaac Ben Judá Abravanel, nascido em Lisboa em 23 de setembro de 1437, viveu em Queluz, mas sua ascendência e parentes moravam em cidades da Espanha. Entrou para o serviço de Dom Afonso V que o chamava de mestre porque com ele aprendia astronomia e astrologia, gozando de plena confiança. Dom João II confirmou seu cargo de tesoureiro e o tinha na mesma conta de homem bom, de máxima confiança, contra quem nunca tinha havido qualquer sombra de dúvida. Tinha amizades com os duques de Bragança e toda a casa de Viseu, mas não eram explícitas. Por intermédio do duque de Viseu, a rainha iniciou uma grande amizade e simpatia a Abravanel, tendo com ele, em público, a cortezia costumada da corte. Passou a fazer parte da conjura dos duques depois de reunir-se com o duque de Viseu em casa de um astrólogo que lhe assegurou que os prognósticos indicavam que seria rei de Portugal em lugar de Dom João II. Tendo feito o mapa dos acontecimentos conforme lhe indicavam os astros, entregou-o ao duque de Viseu, que o levou à irmã, a rainha D. Leonor, que foi lido por toda a família e pelos duques de Bragança, seus cunhados. A rainha se comprometeu com Dom Diogo a lhe dar apoio político e financeiro. Toda a casa de Viseu e os duques de Bragança aderiram à causa, confiando no seu bom sucesso. Caindo o duque de Bragança nas justiças do rei, o duque de Viseu ficou exposto, mas todo o plano permaneceu em segredo. O rei, inocente da existência de um plano tão bem arquitetado, não procedeu contra ele, e o exprobou com veemência. Dom Diogo deixou o recinto com ar de tristeza sem dar mostras do ódio que se acendeu na sua alma por achar que Dom João II não passava de um cão morto, à espera do momento de cair. Saiu da presença do rei determinado a fazer cumprir o que dizia o mapa astrológico. Estando o rei em Setúbal, reuniram-se os conjurados em Santarém para concretizar o plano. Dom João II, logo que soube, atalhou suas manobras, mandando prender e justiçar todos os implicados sumariamente. Mandou chamar o Duque à sua presença, que veio intimorato. Sem inquirir nada, perguntou-lhe o rei: "O que tu farias ao homem que te quer matar?" O duque respondeu: "Mato-o eu primeiro". Assim respondeu porque não esperava que o rei lhe tirasse a vida, mas o deixasse ir após uma dura reprimenda. Porém Dom João II, mostrando-lhe as provas da sua traição, retorquiu: "É o que te vou fazer agora". Ali mesmo, sem mais delongas, apunhalou-o na presença de dois homens de sua comitiva. Saindo da sala, mandou chamar testemunhas, juízes e escrivães que lavraram os autos do assento da morte, juntando os documentos de prova da intenção do duque de o matar. Isaac Abravanel estava em Santarém junto com os revoltosos, a quem dava ajuda financeira dos cofres do rei através de Dom Leonor, que a dava ao duque seu irmão. Sem duvidar da predição do astrólogo, ficou intimamente ligado a eles, dando-lhes toda a ajuda que lhe estava ao alcance. Ninguém esperava tal desfecho. Não tendo como justificar suas culpas, fugiu para Castela onde ficou a serviço dos reis católicos, muito honrado por suas ajudas contra Dom João II.
Em suma, o rei que dominava quatro continentes e três oceanos, tinha sua casa dominada pelas matriarcas Leonor, Beatriz, e Isabel. Dona Leonor foi uma constante eminência parda e também regente do reino algumas vezes. Viveu no Paço de Xabregas vizinho ao Terreiro do Paço, que é hoje a praça do Comércio. Estava cercada de muitos servidores e criados. Participou da criação do Hospital Real de Todos os Santos, no Rossio de Lisboa, o melhor hospital da Europa. Ordenou a construção do Convento da Madre de Deus, ao estilo manuelino que ficou integrado ao patrimônio da Casa das Rainhas. Construção que sobreviveu ao terremoto de 1755. Só encerrou suas atividades governamentais com a morte, ocorrida a 17 de novembro de 1525, e foi enterrada no Convento da Madre de Deus. A mãe do rei D. Manuel, dona Beatriz, começou seu domínio em 1470, com a morte do seu marido, o Duque Dom Fernando, irmão de Dom Afonso V. Foi-lhe passada a administração das pessoas dos filhos, dos bens, e pessoas da Casa de Viseu sem se sujeitar à opinião de ninguém. Também não estava sujeita a embargos canônico, cíveis, advogados do reino, e ordenações. Em 1475, Dona Beatriz se tornou governadora da Ordem de Cristo. Tornou-se figura de proa na guerra de sucessão da Espanha para defender os interesses de sua sobrinha Isabel, a católica, filha de sua irmã primogênita. Entre Dom Afonso V e sua sobrinha Isabel, preferiu defender a sobrinha, ainda que fosse contrária ao reino de Portugal. Sua mãe era da casa de Bragança, e ela optou pela casa materna. A mediação de Dona Beatriz na questão sucessória de Castela foi uma intromissão para a qual não obtivemos o motivo que dava tamanha força. O Tratado das Alcáçovas não lhe trouxe nenhum favorecimento, nada lhe acrescentou senão a traição a quem tudo devia. Juntou-se à filha Dona Leonor na luta para garantir o trono a Dom Manuel e com ela fez o governo paralelo em favor de Castela. Dona Beatriz criou o panteão dos duques de Beja, para preservar sua memória. Morreu aos 77 anos, em 1506. Foi enterrada no panteão por ela criado. Isabel de Viseu, a duquesa de Bragança, morreu aos 62 anos, em abril de 1521, e foi enterrada no Convento da Madre de Deus. Esteve com a mãe e a irmã em todos os momentos, sem jamais discordar delas. Conservou sempre vivas as mágoas contra a casa de Dom João II, trabalhando com afinco para extirpá-la.
O reinado de Dom Manuel estava próspero e feliz, tendo concretizado todos os planos do seu antecessor. Restava-lhe casar e gerar uma descendência para seu grande império. Sua mãe tratou de lhe arranjar a noiva ideal, que era a viúva do príncipe Dom Afonso. Nunca houve inclinação amorosa para com Dona Isabel enquanto esposa do príncipe, nem depois, na sua viuvez. A escolha nela recaiu por motivos políticos do mais alto interesse de Castela. Mais uma vez, tia Beatriz foi em seu socorro. A rainha Isabel de Castela não tinha filho varão. Seu filho o príncipe Juan morreu em 4 de outubro de 1497. Estando Margarida, sua mulher, grávida, abortou logo após a morte do marido. As bodas de Dom Manuel com Dona Isabel, sua filha primogênita, se deu nesse mesmo ano, para gerar um herdeiro ao trono de Castela. Mais uma vez, interveio a varonia portuguesa para salvar o trono de Castela. Foi ele ao encontro de sua noiva, contrariando as normas ancestrais dos casamentos dos reis. Sendo ele Imperador, submeteu-se à Castela, dando a entender, com seu gesto, que entrava na família de Isabel, e não o contrário, como deveria ser. Casou em Valência de Alcântara, sendo ambos jurados por reis em várias cidades. A manobra astuta de Isabel, a Católica, vai além, retendo o casal em viagens de aclamação por todo o reino para que o filho primogênito nascesse em Saragoça, terra espanhola, o que sucedeu a 23 de agosto de 1498. Chamou-se Miguel da Paz e ficou aos cuidados de Isabel, sua avó, para ser criado como herdeiro do trono de Castela. Foi jurado herdeiro do trono logo ao nascer. Mas as pretensões de Castela não se concretizaram, falecendo a criança antes dos dois anos de idade, tendo sua mãe morrido no parto. As matriarcas liquidaram a autoridade de rei e imperador que tinha Dom Manuel, vergando sua vontade ao assinar acordo para expulsão dos judeus, como cláusula contratual do casamento. A viuvez lhe ocorreu muito precoce, mas o danoso tratado foi para Portugal nas mãos do rei. Vazio de autoridade e de honra, viu sua esperança de unificar os dois reinos morrer com Dom Miguel da Paz, a 19 de julho de 1500. Ao voltar ao Castelo de São Jorge, não tardou a receber nova proposta de casamento da parte de Castela. O enlace com Maria de Aragão, sua cunhada, se deu em 31 de outubro de 1501, em Alcácer do Sal; sem obrigação de varonia para com a Católica, já alquebrada pelo mal que a vitimou. E dona Beatriz já sentia os desgastes das suas lidas. Desse matrimônio nasceram nove filhos, a saber:
Dom João, que lhe sucedeu no trono;
Dona Isabel, que casou com Carlos V, o imperador de Espanha;
Dona Beatriz que foi Duquesa de Saboia;
Dom Luís, que foi Duque de Beja, Condestável do reino, prior da Ordem Militar de São João de Jerusalém;
Dom Fernando, que casou com Guiomar Coutinho, 5ª Condessa de Marialva;
Dom Afonso, prelado do reino;
Dom Henrique, que foi cardeal rei;
Dom Duarte, que foi Duque de Guimarães;
Dona Maria que morreu em 7 de março de 1517;
Dom Manuel nutria um grande afeto pela rainha D. Maria, e sentiu-se tão triste com a sua morte que se retirou para o Castelo de Penha Longa em Sintra, desejando morrer. Estava tão desolado que fez seu testamento em 7 de abril do mesmo ano, e pensou em abdicar. De ambos os desejos, Dona Leonor tratou de dissuadi-lo. Passado o luto, ficou consolado e com disposição para contrair novas nupcias. A escolha desta noiva não contou com o conselho de sua mãe que morrera em 1506, nem opinião da irmã dona Leonor. Esta princesa estava destinada ao seu filho Dom João, mas o rei entendeu ser melhor para o reino de Portugal que fosse ele a casar com ela. Dona Leonor era filha de Dona Joana, a Louca, e de Filipe o Belo, irmã de Carlos V. Caso fosse seu filho Dom João a desposá-la, os tratados sofreriam alteração que seriam desfavoráveis a Portugal. Dona Leonor foi recebida por esposa em 24 de novembro de 1518, na vila do Crato. Teve com ela dois filhos: Dom Carlos e Dona Maria.
No seu reinado fez um compêndio das leis do reino que se chamou Ordenações Manuelinas, usadas em todos os lugares de suas conquistas. Instalou a Inquisição em 1515, que só foi implementada depois de um segundo pedido ao papa, feito por seu filho Dom João III, ainda príncipe. Construiu o Mosteiro dos Jerônimos e a Torre de Belém, o arquivo do reino. Inaugurou o estilo arquitetônico manuelino. Reformou os Forais. Na única edição das Ordenações Manuelinas vê-se o rei vestido de armadura, coroado, com a esfera armilar, com sua divisa, e um filactério onde se lê: "Deo in cielo tibi avtem in mundo" (A Deus no céu e a ti na terra). Talvez a última obra de sua mãe Dona Beatriz tenha sido o massacre de judeus, no domingo de 19 de abril de 1506, começado no Convento de São Domingos. Não havia fome, nem peste, nem turbação alguma que não o desejo de sangue de Dona Beatriz. Portugal vivia o auge de sua riqueza e poder. Havia no reino noventa e três mil judeus vindos expulsos de Castela. Como o rei tudo fizesse para cercear as matriarcas, apelaram elas aos padres para incitar o povo contra os judeus, ocorrendo várias matanças e roubos. A igreja estava cheia porque os fiéis tinham obrigação de comparecer à igreja aos domingos, e porque era a celebração da páscoa. Não havia nenhum outro motivo para ali estarem reunidos. Em seu discurso encomendado, o padre falava contra os judeus e cristãos novos, incitando o povo ao ódio. Diz-se que alguém do povo afirmou ter visto o rosto de Cristo sangrar por estarem ali os judeus que o mataram. Um cristão novo ali perto disse que era apenas um reflexo de luz no rosto da imagem, o que bastou para desencadear a mais violenta reação do povo. A multidão arremeteu contra ele que, morreu espancado sem que ninguém a isso detivesse. Ali, na praça da igreja, morreram muitos. O rei estava em Abrantes e interveio logo que teve aviso, mandando uma tropa para conter a populaça e prender os assassinos. A turba enlouquecida pelos frades dominicanos mataram quatro mil judeus. Estes mesmos frades prometeram perdão de pecados a quem matasse os hereges judeus por todo o reino, juntando quinhentas pessoas que mataram judeus torturados e queimados cujo número não se sabe. Havia muitos espanhóis na turba dos quinhentos, mas nenhum holandês nem zelandês ali estava porque os povos destas nações eram na maioria judeus e crentes que já estavam engajados na reforma iniciada na Inglaterra. A sede de sangue era de Isabel de Castela, sua tia Beatriz, e sua prima Leonor.
D. Manuel usou o título de Sua Alteza o príncipe herdeiro de Portugal;
Sua Alteza Real o Rei, na coroação.
Nos documentos oficiais, usava o título: "Pela graça de Deus, Manuel I, rei de Portugal, e Algarve, d'aquém e d'além mar, d'África, Senhor da Guiné e da Conquista, Navegação e Comércio da Etiópia, Arábia e Índia, etc".
Dom Manuel estava no Paço da Ribeira quando foi acometido do mal que veio a morrer. No dia 4 de dezembro de 1521 sentiu-se mal. Três dias depois já não podia tratar das coisas do reino. No dia 11 do mesmo mês fez um codicilo ao seu testamento. Ao cair da noite do dia 13, começou a delirar, e no seu delírio, dizia versículos dos Salmos em voz alta. Recebeu a extrema unção em meio ao delírio, na presença do seu filho D. João III, que esteve ao lado do seu leito desde o primeiro dia; a mais alta nobreza: dom Jaime, duque de Bragança; dom Afonso, bispo de Évora; dom Fernando, bispo de Lamego; e o seu confessor Frei Jorge Avogado. Seu ataúde foi levado para a Sala Grande do Paço por dom Jaime, duque de Bragança; Dom Jorge, Duque de Coimbra; dom Fernando, marquês de Vila Real; dom Pedro; Conde de Alcoutin. Às duas horas da manhã foi levado em procissão para Belém. Foi sepultado em cova rasa na Igreja do Restelo porque o Mosteiro dos Jerônimos não estava concluído. Foi um bom rei; temente a Deus, mas foi arruinado pelas mulheres que amava e respeitava.
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